Et l'eau dans tout ça 
En aval, un peu plus au nord, les massifs calcaires se vident presqu’aussi vite qu’ils ne se remplissent. La fracturation de la roche, agrandie par le passage de l’eau qui dissout les minéraux (essentiellement la calcite), peut se transformer en de véritables réseaux souterrains, parfois visitables par les spéléologues : c’est que l’on appelle le karst. Le karst peut stocker de grands volumes d’eau dans le sous-sol en période de pluies abondantes, mais, drainé par les sources et les cours d‘eau, son niveau ne reste jamais haut très longtemps. Les calcaires du tonnerrois perdent ainsi la moitié de leur niveau en seulement trois semaines !
Dans le karst, il existe des circulations parfois étonnantes, par exemple entre deux vallées. C’est ainsi que le Serein perd la totalité de son débit plusieurs semaines dans l’année au niveau de différentes pertes. Dès que le Serein arrive sur les calcaires du Bathonien près de Massangis, l’eau part dans le karst lorsque le niveau de celui-ci est plus bas que le niveau du cours d’eau. Une partie de l’eau reste dans la vallée du Serein et trouve sa résurgence 25 km en aval vers Noyers, mais 25 % ressort dans une autre vallée, celle de la Cure à Vermenton !
Le Landion, un affluent de l’Armance, se perd également en période estivale dans les calcaires du Portlandien entre Etourvy et Chesley, pour réapparaître au niveau de Turgy, 10 km plus loin.
- Voir le débit de la fosse Dionne à Tonnerre (89) sur Hydroportail https://www.hydro.eaufrance.fr/stationhydro/H246371001/series
- Voir le niveau des calcaires de l’Hettangien-Sinémurien à Meilly-sur-Rouvres (21) sur le portail national d’accès aux données sur les eaux souterraines (ADES) https://ades.eaufrance.fr/Fiche/PtEau?Code=04987X0022/P#mesures_graphiques
- Voir le niveau des calcaires de l’Oxfordien-Kimméridgien à Noyers (89) sur ADES https://ades.eaufrance.fr/Fiche/PtEau?Code=04354X0026/PUITS#mesures_graphiques
- Voir le niveau de la craie du Turonien à Chamoy (10) sur ADES https://ades.eaufrance.fr/Fiche/PtEau?code=03328X0024/S1#mesures_graphiques
Si la nature du sous-sol sur les bassins de l’Armançon et du Serein est globalement peu favorable à une bonne rétention de l’eau, impliquant une vulnérabilité particulière aux sécheresses, elle n’est pas non plus favorable à la qualité de l’eau. Les massifs calcaires ont des sols peu profonds, qui retiennent très peu les substances émises en surface. Ainsi, tout produit rejeté par les particuliers, les agriculteurs ou les industriels se retrouvera assez facilement dans l’eau des nappes, après avoir traversé trop rapidement le sol, dont le rôle de filtre est réduit par sa faible épaisseur.

